Als stiller Mitleser kann ich doch einmal was beitragen:
Ihr habt eine schlechte Reisezeit ausgewählt. Voriges Jahr hat es um diese Zeit sehr sehr viel geregnet!
Wenn ihr nur 3 Wochen auf Yucatan bleibt, könnt ihr Tikal, Belize, Teotihuacán von euerer Liste streichen.
Auch Palenque (Calakmul) ist mit dem Bus grenzwertig, man verliert 2 Tage allen für die Fahrt.
Ich würde mit der Isla Mujeres (Empfehlung Hotel: Maria del Mar, direkt an der Playa Norte) beginnen. Die Hotels im Zentrum sind am Abend und auch Nachts sehr laut! Bucht vorher bei Hoppa.com einen Transfer vom Airport bis zur Ferry, ist billiger wie ein Taxi. Nehmt die Ferry am "Puerto Cancun", die ist billiger wie die Fähren von der Hotelzone.
Danach oder zwischendurch würde ich nach Playa del Carmen (PdC). Unterkünfte gibt es für jeden Geldbeutel (von Airbnb bis 5*Hotel), die Infrastruktur ist sehr gut, 3 große Supermärkte und sehr preiswerte Restaurants (Tarraya, El Fogon), richtig guter Stadtstrand.
Von PdC fährt inzwischen ein Bus direkt nach Chiquila-Holbox (Dauer ca. 2,5h - Hin 9:45, Rück 16:15 + Ferry, Wochenende leicht andere Fahrzeiten). Gönnt euch ein Strandhotel (z.B. Holbox Dream Beach, preiswerter über Veranstalter buchen) und macht eine morgentliche Tour (ab 5 Uhr) mit einem einheimischen Fischer zu den Vogelinseln und Flamingos und mit etwas Glück seht ihr auch Delphine. Strandhotel deshalb, ihr habt kostenlose Strandliegen - da gibt es weniger Probleme mit den Sandmücken. Außer den Sandmücken ist aber alles bestens (es sei denn, es regnet viel), toller Strand, nicht so voll und überlaufen, einfach perfekt.
Ebenfalls von PdC kommt ihr mit dem Bus nach Piste-Chichen Itza (Ik Kil), Merida und Bacalar. Verbindung sind aber auch von/nach Merida-Bacalar, Cancun-Merida oder Cancun-Bacalar möglich (Cancun-PdC sowieso). Neben der Buslinie ADO gibt es auch noch Mayab.
Um sehr früh in Chichen Itza zu sein, empfliehlt sich dort eine Übernachtung (Empfehlung Hotel: Mayaland, wunderschöner alter Palmengarten, direkt am Südeingang von Chichen Itza) auf den Weg von/nach Merida. In Merida (Empfehlung Hotel: Alba Dolores - zentral, günstig und gut) könnt ihr preiswert Uxmal und die Puuc-Route buchen (Tagestouren mit Collektivos).
Die Laguna Bacalar ist absolut großartig, als Unterkunft empfehle ich die Casita Carolina (über die Website buchbar), nicht so viel Komfort - aber direkt an der Lagune und irgendwie magisch chillig, außerdem gibt sehr preiswerte Paddleboards und Kayaks.
Die Busse (Achtung kalte Klimaanlagen) sind in der Regel pünktlich. Kauft die Busticket jeweils am Tag vorher und nehmt die Sitze in der ersten Reihe, man sieht viel und vorallem auch die Topes.
In die nähere Umgebung z.B. nach Tulum, Coba (die Hauptpyramide kann noch bestiegen werden) und Akumal (Schildkröten, schnorcheln), zu Cenotes, Xcaret und Xel-Ha kommt ihr preiswert von PdC mit dem Collektivo (max. 50 Pesos/Strecke) oder Bus.
Beispiel
3 Isla Mujeres
1 Chichen Itza, event. kurzer Stop in Valladolid
3 Merida
3 Bacalar
5 Playa del Carmen
3 Isla Holbox
3 Playa del Carmen